Первые следы пребывания человека на территории нынешней Колумбии относятся к XV—XVII векам до н. э. На территории нынешней Боготы жили племена охотников-собирателей, которые проживали в основном в долине реки Магдалена.

С начала нашей эры на территории нынешней Колумбии жили индейцы (карибы, араваки, чибча-муиски), причём среди них преобладали чибча. При этом в племени чибча различались две культурные традиции — тайрона и муиски. Первые проживали главным образом на карибском побережье, вторые — на высокогорном плато Кундинамарка.

У чибча-муисков было весьма развитое по тем временам общество, они являлись одной из наиболее развитых цивилизаций в Южной Америке (после майя и инков). Они создавали ювелирные изделия из золота и сплава золота с медью, в качестве денежного эквивалента выступали золотые пластинки. Чибча-муиски поклонялись Богу-Солнцу как источнику плодородия и приносили ему животных в качестве жертв.

С начала XVI века началась колонизация испанцами Южной Америки (в том числе территории нынешней Колумбии). Первые колонии испанцев были основаны на Карибском побережье. Первые попытки колонизации (Сан-Себастьян-де-Ураба, колония на территории нынешней Панамы) были безуспешными.

В 1536 году была снаряжена военная экспедиция в количестве 500 человек во главе с Гонсало Хименесом де Кесада. Впоследствии завоёванные территории Кесада окрестил Новой Гранадой[5].

В 1549 году Новая Гранада получила статус аудиенции. Значительная часть индейского населения высокогорья, которое полностью контролировали испанцы, была поселена в ресгуардо (в российской литературе их иногда называют резервациями) — на землях, полученных индейцами от колониальных властей[6]. Ресгуардо считался коллективной собственностью индейской общины (которая тоже называлась ресгуардо), и в пределах ресгуардо индеец имел участок земли, которым он распоряжался на правах пользователя[6]. Во главе общины ресгуардо стояли вождь и назначенные им должностные лица[6].